در این تحقیق شبکه متابولیکی ژنوم-مقیاس باکتری باسیلوس لیکنی فرمیس با الگوبرداری از مدل شبکه متابولیکی باکتری باسیلوس سابتیلیس و همچنین داده های پایگاه kegg، مدل سازی شد. مدل ایجاد شده نهایی دارای 1324 متابولیت و 1277 واکنش است. به منظور ارزیابی مدل ساخته شده، ابتدا شرایط کشت باکتری باسیلوس لیکنی فرمیس بر مبنای محیط حداقلی m9 در مقیاس فلاسک با استفاده از روش آماری تاگوچی بهینه سازی شد. سپس در ش...

در این مقاله یک شبکه­ی متابولیکی، در بردارنده ­ی مسیرهای متابولیکی مرکزی سودوموناس ائروجینوزا در شرایط بی ­هوازی ارایه شده است. به منظور تأیید دقت مدل، پیش بینی ­های مدل با نتیجه ­های تجربی به دست آمده از کار دیگر پژوهشگران مقایسه شده است. برای دست یابی به این مهم، از برنامه ریزی خطی برای بهینه سازی معادله ­های حاکم بر سامانه استفاده شد. تابع هدف برای بررسی درستی مدل، نرخ ویژه رشد این میکروارگا...

مدل سازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیر، احتمالا می تواند  منجر به دیدگاهی سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان پذیر است. در این پژوهش، شبکه متابولیتی درگیر در تولید شیر در گاو، بازسازی و آنالیز شده است. بدین منظور، ابتدا اطلاعات موجود در پایگاه داده­های ncbi ، uniprot ، kegg  و brenda...

مدل سازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی بافت غده پستانی گاو، می تواند منجر به دیدگاه سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان پذیر است. در این پژوهش، اطلاعات مورد نیاز، از پایگاه های داده ncbi ، uniprot، kegg و brenda جمع آوری و مورد استفاده قرار گرفتند. . نتایج آنالیزهای انجام شده در این تحقیق می تواند برا...

شکمبه نقش محوری در بازده تولید در نشخوارکنندگان دارد. درک فرآیند متابولیسم بافت شکمبه می‌تواند منجر به بهبود بازده تولید و در نتیجه سود اقتصادی در نشخوارکنندگان شود. در پژوهش حاضر، شبکه متابولیکی بافت شکمبه گاو با استفاده از اطلاعات ژنومی و اطلاعات موجود در پایگاه‌های داده مختلف، بازسازی شد. نتایج حاصل از بازسازی شبکه شامل 410 آنزیم، 1429 متابولیت به عنوان گره و 1777 واکنش به عنوان یال بود. ویژ...

مدل‌سازی متابولیسم تولید شیر مبتنی بر بازسازی شبکه متابولیکی دخیل در تولید شیر، احتمالا می تواند  منجر به دیدگاهی سیستمی به این فرآیند پیچیده و درک بهتر آن گردد. این بازسازی با استفاده از اطلاعات ژنومی قابل دسترس گاو امکان‌پذیر است. در این پژوهش، شبکه متابولیتی درگیر در تولید شیر در گاو، بازسازی و آنالیز شده است. بدین منظور، ابتدا اطلاعات موجود در پایگاه داده­های NCBI ، Uniprot ، KEGG  و Brenda...

هدف نهایی از رویکرد زیست شناسی سامانه ها یافتن ارتباط میان خصوصیات فنوتیپی و ویژگی های دینامیک اجزای تشکیل دهنده همانند متابولیت های اولیه و ثانویه و مسیرهای متابولیکی و ژنتیکی مرتبط با آنها است . این ارتباط از اندام تا اجزای مولکولی بصورت سلسله مراتبی وجود داشته و باعث حفظ پیوستگی و عملکرد موجود زنده میگردد. شبکه در حالت کلی مجموعه ی اجزای تشکیل دهنده ی واحد موردنظر و واکنش های مرتبط برای ت...